1948年，吴咸中获沈阳医学院学士学位；1959年—1961年，进入天津中医学院西医离职学生中医班学习；1964年—1977年，担任天津市南开医院院长兼外科主任；1977年—1983年，担任天津医学院副院长；1983年—1991年，担任天津医学院院长；1991年，担任天津市中西医结合急腹症研究所所长；1996年，当选为中国工程院院士。
吴咸中长期从事普通外科及中西医结合的科研、教学及临床实践。
吴咸中兼任天津市人大代表（1984年1月），第八届全国政协常务委员会委员（1993年3月—1998年3月），中国中西医结合研究会及中西医结合学会副会长、会长及名誉会长，江苏省医学会内科学会副主任委员，中华医学会副会长，世界卫生组织传统医学咨询团咨询专家。
